Die Studienplätze für Pharmazie werden über die Stiftung für Hochschulzulassung vergeben. Einige Universitäten nutzen jedoch auch die Möglichkeit, Studienplätze nach eigenen Maßstäben zu vergeben. Derzeit kann an 22 Universitäten in Deutschland Pharmazie studiert werden.
Die pharmazeutische Ausbildung umfasst ein Studium der Pharmazie von vier Jahren an einer Universität; eine Famulatur von acht Wochen; eine praktische Ausbildung von 12 Monaten und die Pharmazeutische Prüfung, die in drei Prüfungsabschnitten abzulegen ist. Rechtsgrundlage für die Ausbildung ist die Approbationsordnung für Apotheker.
Im ersten Studienabschnitt, der vier Semester umfasst, werden die Grundlagen in Chemie, Analytik, Biologie und Arzneiformenlehre gelehrt. In der vorlesungsfreien Zeit muss eine achtwöchige Famulatur abgeleistet werden. Dabei handelt es sich um eine Art Betriebspraktikum. Vier Wochen der Famulatur müssen in einer öffentlichen Apotheke, die verbleibende Zeit kann auch in einem anderen Tätigkeitsfeld, z. B. in der Krankenhausapotheke, abgeleistet werden. Das Grundstudium endet mit dem 1. Abschnitt der Pharmazeutischen Prüfung.
Der zweite Ausbildungsabschnitt, das sogenannte Hauptstudium, befasst sich intensiv mit speziell pharmazeutisch ausgerichteten Inhalten. Die chemischen Fächer beschäftigen sich ausführlich mit den Arzneistoffen. In der Pharmakologie erfahren die Studenten, wie und warum Arzneimittel im Organismus wirken und warum welche Nebenwirkungen auftreten können. In enger Beziehung dazu steht die Klinische Pharmazie, die sich mit speziellen Patientengruppen, der Interpretation von Laborparametern und der Beurteilung klinischer Studien beschäftigt. Wesentlicher Inhalt der Pharmazeutischen Biologie sind die Arzneipflanzen, aber auch molekularbiologische Themen. In der Pharmazeutischen Technologie befassen sich die Studenten intensiv mit den verschiedenen Arzneiformen, Herstellungstechniken und Optimierungsmöglichkeiten. Das Hauptstudium schließt mit dem 2. Abschnitt der Pharmazeutischen Prüfung ab.
Der dritte Ausbildungsabschnitt umfasst eine 12-monatige praktische Ausbildung, in der die Kenntnisse vertieft, erweitert und angewendet werden sollen. Mindestens 6 Monate müssen in einer öffentlichen Apotheke abgeleistet, die verbleibende Zeit kann auch in einer Krankenhaus- oder Bundeswehrapotheke, der Industrie, einer wissenschaftlichen Institution oder einer Arzneimitteluntersuchungsstelle absolviert werden. Ergänzt wird das praktische Jahr durch einen vier- bis sechswöchigen Begleitunterricht, in dem praxisbezogene Themen vermittelt werden.
Auch der 3. Abschnitt endet mit einer staatlichen Prüfung, in der die beiden Fächer Pharmazeutische Praxis und Spezielle Rechtsgebiete für Apotheker geprüft werden. Nach erfolgreichem Bestehen der gesamten Pharmazeutischen Prüfung kann der Antrag auf Erteilung der Approbation als Apotheker gestellt werden. Die Approbation berechtigt den Apotheker zum Führen seiner Berufsbezeichnung und erlaubt ihm, seinen Beruf uneingeschränkt auszuüben.